IMDS有料版でも紹介しましたが、IMDS-a2について触れましたが、もうちょっと詳しく情報を流出させてみようと思います。

○検索結果の表示上限が無い
IMDS上のデータを検索する際に、500件までしか表示できませんよね?
アレが、ほぼ無制限に表示可能です。10000件とか。一応、作業や接続の速度を考慮してか、『2000件を超えました』というメッセージは出ます。無視して全件表示するとすごいことに。

○ドラッグ&ドロップで編集できる
コンポーネントを検索して、編集状態のツリーに放り込むと、そこに追加できます。すげぇ便利。
同じくツリー内の情報を移動させたりできます。
組込む場所を変えることもできますので、構成レベルを間違えたりしても修正が簡単です。

○複数のデータを一度に編集状態にできる
IMDS-a2起動時に、窓内で小窓を複数立てることで、別のコンポーネントを参照しながらコンポーネント編集をしたり、複数のコンポーネントを一度に編集したりできます……手作業ですが。
また、前述のドラッグ&ドロップの機能と併用すると、特定の材料を複数のシート上に投入するのも
・編集対象を複数開く
・投入材料を表示する
・ドラッグ&ドロップで放り込みまくる
という作業で行うことができます。便利。

○化学物質のNode IDが見える
特に有用性があるって程でも無いですが、化学物質のNode IDが見えます。

×部品や材料のアイコンが無料版と共通では無い
違うアイコンが使われているのですが、コレが『参照可能なデータか否か』の表示が無いです。
無料版は、それぞれのアイコンに黒点を付けてそこの判断してるのに……何故変えたし。

×1ユーザーを設定する
特定のユーザーアカウントに対して『有料権限』を発生させるって感じで設定されています。
『会社として』ではなく、『このユーザーが』有料対応って感じ?まぁ、使いまわせば良いのですが……ルールや管理上はよろしくないんですがね。

×ドラッグ&ドロップの使い方にクセがある
検索したコンポーネントや材料を追加する際には、『追加したい親の情報に対して』ドロップします。
移動したい際には、『移動したいレベルの構成の間に』ドロップします。
つまり、ツリー内の移動の際には、何もぶら下がっていないコンポーネントの下にはドラッグ&ドロップでは移動させることができないということです。一度、ダミーでコンポーネントを作成し、移動させてからダミーを消すという作業が要ります。あまりやらないかもしれませんが、地味に面倒です。

※※※2010/04/22:追記/修正※※※
スイマセンデシター!
a2の底力ナメてましたー!
材料もアップロード作成できます!

でも部品(コンポーネント)作成する時は材料をあらかじめ作っておかないといかんけどな

×材料のアップロードはできない
IMDS-a2のアップロード機能は『部品または材料を参照して、コンポーネントを作成する』機能です。セミコンポーネントは……できたっけ?知らない。
材料はあらかじめIMDS上に登録されている必要があります。
材料作成だけは手動作成or受信or公開データということです。

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※※※2010/02/04:追記※※※
※データのダウンロードはできない
基本的にデータのダウンロードはできません。
ココがAIと違うところです。注意。
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※※※2010/04/08:追記※※※
○アップロード数は無制限
IMDS AIは、アップロードするIDの従量制で課金されています(正確には課金ランク毎にアップロードIDに制限がかかっている)
が、IMDS a2は固定料金です。そして、『コンポーネントに限る』という制限はありますが、アップロードができる→つまりアップロードは固定料金で無制限。
なんかIMDS AIを入れるよりお得な予感がしてきませんか?……まぁ、実際のトコはIMDS AIの最低ランクでもアップロード上限にかかることは少ないんじゃないかなぁ?とも思う。
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他にも色々ありますが、おおまかにこんな感じでしょうか?私が使っている範囲で、ですが。
気が向いたら更新して行きます。