『どちらが上』ということはありませんが、『JAMAシートはIMDSに追従している』と言えると思います。

IMDSの機能が更新され、それに合わせてJAMAシートの改訂が行われたりします。
2009年の場合ですと、
プロセスケミカルの項目がIMDSリリース7.0（2009/6）から追加されました。
それを受け、JAMAシートに反映（Ver.2.10 2009/10）されています。

また、化学物質のリストもIMDSに（ほぼ）準拠しています。
IMDS上でのデータ管理はNode IDというもので行われています。部品や材料の情報は確認することが可能ですが、化学物質のNode IDは通常見ることができません。ただし、有料ツールであるIMDS AIやIMDS a2を導入することで見ることができます。
その値を確認すると、IMDS上の化学物質とJAMAシート上の化学物質は同じ数値で管理されていることがわかります。

***2015/01/16追記***
IMDSリリース8.0では物質のNode IDが表示されるようになりました。
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IMDS上の化学物質は随時更新であるのに対して、JAMAシート上の化学物質は年に数回の外部リスト更新によってのみ更新されます。
JAMAシートはオフラインでの作業のため、化学物質の更新や材料の更新が自動で行われないため、化学物質の表記に『Not found:○○』といったものが設定されていたりします。

どちらも一長一短あるのですが、項目を見比べてみると、ほぼ同じ構成になっていることがわかります。
基本的には報告先の要求する形式での報告が必要になるため、過不足無く情報を保持しておくことが重要ですね。


小ネタ：
IMDSとJAMAシートの双方を確認できる方は、JAMAシートの材料で例えば『STKM11A』を検索し、その右端の情報『材料Node ID』と、IMDS上の『公開材料データ』の『STKM11A(ILI Metals)』のバージョン情報の後ろの『Node ID』を比較してみると確認できます。